För att underlätta sjöfarten till Uppsala lät stadens hamnstyrelse uppföra Flottsunds fyr 1929. Fyren levererades av Svenska AB Gasaccumulator i Stockholm, Lidingö (AGA) och kostade 2 905 kr.
Fyren, som fortfarande är i originalskick, utgörs av en sex meter hög, öppen järnkonstruktion. I dess nedre del finns ett skåp som innehåller gastuberna. Gasen leds upp till fyrapparaten av märket AGA-Dalén som består av en rödmålad lykta med tryckregulator och klippapparat.
Gustaf Dalén uppfann klippapparaten 1904. Klippapparaten, som är placerad ovanpå tryckregulatorn, åstadkommer automatiskt kortvariga avbrott i gastillförseln till brännaren, så att fyrlågan härigenom tändes och släcktes och därmed ger fyren dess karaktär. Återtändning av den stötvis utströmmande gasen sker med en s.k. evighetslågan, en liten, ständigt brinnande låga, vars gastilledning går förbi klippapparaten.
Flottsunds fyr hör hemma under gruppen farledsfyrar. Så länge fyrarna krävde fast bemanning för deras skötsel och underhåll var det för dyrt att belysa de svenska inomskärsfarlederna. Med en utvecklad fyrteknik kom den första större expansionen av farledsfyrar under 1880-talet. Med AGA:s och Gustaf Daléns utveckling av gasfyrar under början av 1900-talet blev det så småningom möjligt att till en relativt låg kostnad belysa huvuddelen av alla viktiga skärgårdsfarleder. Den nya fyrtekniken krävde endast en årlig tillsyn. År 1912 fick Dalén nobelpriset i fysik för sina uppfinningar som snabbt spreds över hela världen.
Under 1900-talet fortsatte ständigt fyrteknikens utveckling. Sjöfartsverket lät bygga om sina sista gasdrivna ledfyrar under 1980- och början av 1990-talet och idag drivs många av dem med hjälp av solceller. Uppsala kommun genomförde aldrig denna förändring på Flottsunds fyr då den ansågs ha tjänat ut. Fyren släcktes och började förfalla. Tack vare ett kommunalt projekt Årike Fyris uppmärksammades återigen fyren och den genomgick åren 1995-1996 en helrenovering. Fyren återtändes 1996 och är sedan dess i drift dygnet runt från april till oktober.
Fyren är i originalskick och utgör en av få AGA-fyrar i landet som fortfarande drivs med gas. Med anledning av fyrens höga kulturhistoriska värde blev den byggnadsminne i december 2008.